En el año 1966 se cierra al culto la parroquia de San Juan Bautista (hoy museo sacro), y se traslada a la capilla de la Vera Cruz tras un acuerdo entre el Arzobispado de Burgos y la Fundación del Condado de Orgaz, propietarios de colegio y capilla de la Vera Cruz, al ser los descendientes del Obispo D. Pedro de Acuña y Avellaneda, pasando a denominarse Parroquia de San Juan de la Vera Cruz; en un principio el acceso a la nueva Parroquia se hacía a través de la entrada principal de la capilla que a la vez es el patio del colegio, (regentado por la Orden de la Hijas de la Caridad de San Vicente de Paul); con el fin de dar mas independencia al colegio y a la Parroquia, se adecenta y adapta la entrada de la capilla de la iglesia de la C/ San Francisco para que sirva como entrada principal a la Parroquia. Actualmente se entra en la Iglesia por la Avenida el Ferial 5, dejándose la otra entrada exclusivamente para los alumnos del colegio Vera Cruz.
Como la capilla no tenía campanario, en el año 1984 se coloca la espadaña del siglo XV traída desde la iglesia arruinada de Castil de Carrias, pueblo abandonado en el norte de Burgos. De la misma procedencia es la pila bautismal.
En el mes de septiembre de 2012, se firmó el “Contrato de comodato” entre la Fundación Colegio La Vera Cruz y la parroquia de San Juan de la Vera Cruz. Todo ello garantizado por la Administración Diocesana y la representación del Patronato de la Fundación, que lo tienen las Hijas de la Caridad como regentes del Colegio, por un periodo de 50 años.
A mediados del siglo XVI, el Ilustre Arandino D. Pedro de Acuña y Avellaneda, Obispo de Astorga, es promovido a la sede episcopal de Salamanca. Mientras D. Pedro espera en Aranda el momento de tomar posesión de su nueva sede, el concejo le hace ver la necesidad del municipio de tener un colegio; quizás para dejar constancia de su memoria y celebrar su nombramiento, o quizás por no parecer menos que el Obispo Acosta, que había prometido el colegio y en su lugar estaba edificando el convento del Santi Spíritu, decide flindarlo con el nombre de la “Vera-Cruz”.
El 14 de Septiembre de 1555 muere en Aranda el Obispo de forma repentina, sin haber llegado a tomar posesión del obispado de Salamanca y dejando las obras del colegio en sus cimientos, su cuerpo es depositado, de forma provisional, en la capilla que la familia tenía en la iglesia del convento de San francisco, fundado a finales del siglo XV por D. Martín Vázquez de Acuña (hermano del abuelo de D. Pedro) y su esposa Dña. Costancia de Avellaneda, anexo a los terrenos donde iba a levantarse el colegio.
El maestro de cantería Sebastián del Castillo, con la colaboración de los canteros, Simón Martínez y Juan de Laverde, y el maestro de carpintería Pedro Pérez, con la colaboración del carpintero, Juan Ortega de San Román, ponen como fianza 12.000 ducados y otorgan escritura de contrato para hacer esta capilla, el 2 de Abril de 1620, tienen como fiadores a Francisco de Salas, bordador, Juan de Ortega, platero, Jusepe Gómez y Juan del Corral, que ponen otros 4.000 ducados de fianza; todos son naturales del Burgo de Osma, así como los testigos de la escritura, Agustín de Ortega, Diego del Castillo y Pedro Ortiz de Aldama.
Al construirse la capilla, su parte baja que mira al sur, se adosa a la iglesia del convento de San Francisco, justamente en el punto donde se encuentra situada la capilla en la cual estaba enterado el obispo D. Pedro de Acuña.
La planta tiene forma de cruz griega, lo cual la hace ser un ejemplar único en Aranda, y poco habitual en el resto de la comarca; este trazado hace que su interior esté exento de pilares y que su contemplación resulte grandiosa para una capilla; los brazos que conforman la cruz no están terminados de desarrollar proporcionalmente con arreglo a la longitud de la nave principal; la bóveda es de medio cañón alojando las sencillas ventanas, y el crucero, o intersección de las naves, tiene forma semiesférica.
En el año 1808 es incendiado el convento de San Francisco por los franceses a su paso por la villa; al quedar en ruinas, la capilla que ensambla las dos iglesias, y que es lo único que se puede recuperar, entra a formar parte de la Vera-Cruz; se ciega la puerta de entrada y en la pared que las une se abre un elevado arco de medio punto sobre el cual se encuentra el escudo del patrono mirando al altar mayor, aparte de haber otros ocho escudos de armas con los apellidos familiares diseminados por el interior.
La capilla que entra a formar parte del conjunto es de estilo gótico tardío, de principios del siglo XVI, cuya bóveda es digna de destacar; en uno de sus muros, un hueco rematado con moldura de piedra nos indica el lugar donde estuvo situado el retablo. En esta capilla está colocada actualmente la pila bautismal.
En 1835, la desamortización va a dar lugar a que la capilla de la Vera-Cruz sea la destinataria del gran retablo mayor del convento dominico del Santi Spíritu, por ser el único lugar donde puede trasladarse dicha obra al tener sus muros prácticamente vacíos, (el traslado puede que se efectúe para poner fin a su expolio).
El retablo es un encargo del Obispo de Osma D. Pedro Alvarez Dacosta para el hoy desaparecido convento, que había fundado en Aranda y había de servir como su mausoleo, bajo el título del Santi Spíritu, a quien estaba dedicado el retablo; sus autores nos son desconocidos pero dada la relación artística entre este obispo y Juan de Juni (no podemos olvidar que el Obispo encarga a Juni, Juan Picardo y Pedro Andrés el retablo mayor de la catedral de Osma, firmando el contrato el 13 de Marzo de 1550 y terminándose el 18 de Agosto de 1554), no es descabellado pensar que estos artistas o gente de sus talleres intervinieran en la ejecución de ambos retablos ya que el altar mayor del convento del Santi Spíritu es consagrado por el Obispo Acosta el 8 de abril de 1562; (ocho años separan las dos obras).
Los relieves que se conservan en la Iglesia son los siguientes: La Anunciación, El Bautismo del Señor, La Venida del Espíritu Santo, El Descendimiento, así como dos cuadros en tabla , La degollación de Sta. Catalina de Alejandría, y Jesús en el regazo de su Madre y Sta. Ana, y una escultura de Sta. Catalina. Los relieves y la escultura restauradas y los cuadro en proceso actualmente.