El 6 de Mayo de 1945 el Nuncio de su Santidad, Cardenal Gaetano Cicognani, inauguraba la actual Parroquia de S. Nicolás de Bari y consagraba como Obispo de Osma – Soria al que hasta entonces había sido el párroco de la misma, D. Saturnino Rubio Montiel.
Este templo es la culminación de un proceso doloroso y largo. Porque la Parroquia de S. Nicolás ya existía en Miranda desde el siglo XIII (hoy se llama parroquia del Espíritu Santo). En mayo de 1936 esa iglesia fue incendiada y el culto fue llevado durante unas semanas a la Iglesia conventual de las Madres Agustinas que se encontraba muy cercano. Pero en Julio del 36 también es incendiada.
Es entonces cuando el párroco D. Saturnino Rubio, con un grupo de personas y la aprobación del Obispo de Calahorra – La Calzada (D. Fidel García) a cuya Diócesis pertenecía esta parte de Miranda, deciden construir una nueva Iglesia. El solar elegido será el terreno que ocupaba el convento, la iglesia y las huertas de las Madres Agustinas.
Las obras, que comenzaron a finales de 1939 duraron 5 años y medio, aunque la torre se terminó 10 años después, en 1955. Los gastos de la construcción y ornamentación interior ascendieron a más de 3 millones de pesetas de los años 50. Cabe destacar en esta iglesia la cripta, que ha sido y es escenario importante de la vida pastoral y catequética; los lienzos, que decoran el ábside del templo con escenas de la vida del Santo; las hermosas vidrieras, que iluminan toda la parroquia y albergan un mensaje doctrinal; y una imagen de Cristo crucificado, que goza de profunda devoción popular.
El año 1956 esta parroquia dejó de pertenecer a la Diócesis de Calahorra para pasar a la de Burgos.
El 8 de Abril de 2019 el Arzobispo de Burgos, D. Fidel Herráez, inauguraba la Capilla de la Misericordia. Era la culminación de una obra largamente esperada, necesaria para el culto diario y pórtico de las celebraciones con las que se piensa celebrar los 75 años de existencia de la Parroquia de S. Nicolás de Bari.